Pada 1990 majlis pemerintahan tentera Myanmar mengadakan pilihan raya dan parti Liga Kebangsaan bagi Demokrasi telah menang. Sepatutnya Suu Kyi dilantik sebagai Perdana Menteri Myanmar tetapi junta tentera menafikan kemenangan tersebut. Aung San Suu Kyi telah memenangi 392 daripada 485 kerusi. Berikutan itu Suu Kyi telah menerima anugerah Hadiah Sakharov dan Hadiah Keamanan Nobel pada 1991. Anak-anaknya Alexander dan Kim mewakili beliau untuk menerima anugerah tersebut. Suu Kyi menggunakan wang tunai 1.3 juta USD yang dimenangi untuk tujuan kesihatan dan pendidikan rakyat Myanmar.

Kerajaan junta tentera telah membebaskan Suu Kyi pada Julai 1995 untuk melawat keluarganya di United Kingdom dan tidak dibenarkan pulang. Suaminya Dr Michael Aris seorang warganegara United Kingdom menjalani pemeriksaan kanser prostat pada 1997, kerajaan Myanmar enggan memberi sebarang visa.

Pada Pilihan raya umum Myanmar 2010, parti beliau telah memboikot pilihan raya. Beliau tidak dapat bertanding kerana masih dalam tahanan rumah. Pada 13 November, akhirnya Aung San Suu Kyi dibebaskan dari tahanan dalam rumah atas arahan rejim.